批捕后案子还在公安机关的原因是因为逮捕后还有两个月的侦查期限，公安机关侦查完毕才会移送检察院，由检察院审查确定是否提起公诉 。批准逮捕是检察院的权利；侦查是公安局的权利 。
【法律依据】
【为什么批捕了案子还在公安机关呢】《刑事诉讼法》第一百五十六条，对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月 。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月 。
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