对医疗机构进行监督管理的方式如下：
《医疗机构管理条例》
第四十条，县级以上人民政府卫生行政部门行使下列监督管理职权：
（一）负责医疗机构的设置审批、执业登记和校验；
（二）对医疗机构的执业活动进行检查指导；
（三）负责组织对医疗机构的评审；
（四）对违反本条例的行为给予处罚 。
第四十一条，国家实行医疗机构评审制度，由专家组成的评审委员会按照医疗机构评审办法和评审标准，对医疗机构的执业活动、医疗服务质量等进行综合评价 。
医疗机构评审办法和评审标准由国务院卫生行政部门制定 。
第四十二条，县级以上地方人民政府卫生行政部门负责组织本行政区域医疗机构评审委员会 。
医疗机构评审委员会由医院管理、医学教育、医疗、医技、护理和财务等有关专家组成 。评审委员会成员由县级以上地方人民政府卫生行政部门聘任 。
【怎么对医疗机构进行监督管理】第四十三条，县级以上地方人民政府卫生行政部门根据评审委员会的评审意见，对达到评审标准的医疗机构，发给评审合格证书；对未达到评审标准的医疗机构，提出处理意见 。
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