之后是生化奇兵中发生的剧情，C最终被BOOKER溺死在水池中 。
海葬中的Comstock和Elizabeh以及Sally
淹死BOOKER之后，其他位面的C和BOOKER都消失了，唯有一个错乱的平面中C和BOOKER依然存在，也正因为这个平面的C依然存在，E没有消失 。E来到最终的位面正好赶上C和BOOKER在抢夺ANNA，E希望自己的出场能让ANNA在争夺过程中，大部分留在BOOKER的位面中，而小拇指被空间切断，这样ANNA就可以同时拥有撕裂空间的能力又能和自己的父亲在一起 。但是C在最后时刻突然发力，导致ANNA的头被空间裂缝切断 。
C充满了悔恨和愧疚，命令男女L将他送到一个他什么都记不起来的位面去，他们选择了1949年的海底城 。在出发之前，C在右手背烙印了AD两字纪念被自己害死的女儿以及在失忆后重新以旧身份BOOKER生活 。在经历空间效应之后，C忘记了一部分记忆，并捏造了新的记忆 。E很快找到了他，并决定让在让他记起一切之后杀死他 。
之后的十年里：
C又走上了BOOKER的老路，酗酒赌博 。在1代中的Frank Fontaine政权倒台期间，little sister孤儿院停业，C收养了一个名为Sally的孤儿，接着在Sir Prize的一场赌博中赢钱时把Sally搞丢了 。
E回到了1958的海底城，通过一个Silver Fin饭店的裂隙进入了这个城市 。裂隙被饭店老板，Morris Lauderman发现并汇报给科学家Suchong Yi进行学习 。E逐渐熟悉了海底城的文化，并开始卖自己新款式的衣服....为了融入环境，E阅读了大量关于城市的书籍，了解了Ryan的理论 。为了能够抓住Cohen非法交易的把柄和弄清他与Sally的联系，她最终成功突围成了著名艺术家Sander Cohen的助手 。期间E录制了一首歌“you belong to me” 。由于她的出席，时空裂缝再次出现在城市里，这引起了科学家Suchong Yi的关注 。
E最终找到了C的住处，并了解了他的情况以及他和Sally的关系 。当Sullivan告诉C，Sally已经死了以后，E知道Sally其实被抓去制造成little sister收集ADM，被Cohen送去了未知的地方 。得到这些消息之后，E开始了复仇 。
1958年12月31日，E走进C的办公室，并给C提供了一个找回Sally的任务 。E狡猾的避免暴露自己的意图，并坚称Cohen知道Sally的动向 。C表示这项任务免费，并开始与E一起寻找Sally 。
过程中C多次对E起疑，但都被E利用对C和Sally之间的关系，以及如何丢掉Sally的描述打消 。
之后是海葬一中的剧情，历经艰难险阻，最终E和C看见Sally逃进通风管道 。E建议关闭所有只留一个，并且打开加热逼Sally出来 。C不同意，怕会伤到Sally但最终还是同意了 。关闭了所有出口以后，他们来到最后一个玩具区，E打开了加热，烫到了Sally，也令C备受煎熬 。C在试图将Sally拉出管道时发现Sally已经被制造成lttle sister，一晃神松开了手 。之后C和Sally的BIG DADDY殊死搏斗将其打到，并认为已经杀死了它 。
C回到通风管道尝试再次将Sally拉出来 。在争抢过程中，E命令他记起曾经害死ANNA后逃到海底城的经过 。这时男女L出现揭开了真相，并告诉他C永远只会逃避自己的错误 。C后悔万分，向E道歉 。E回答“不用，你很快就会感到抱歉了”，之后复苏的BIG DADDY一锥戳死了C 。出乎意料的是，BIG DADDY在杀死C之后又用把E钉死在了墙上 。
海葬二中的Elizabeth
这个时候最后一个位面的C和E已经死了 。E在弥留之际产生了幻觉，自己置身于巴黎，过着想象中完美的生活 。之后黑云大作，Sally出现，E在悔恨中醒了过来 。
男女L出现告诉EE，之所以她还活着是因为她拥有撕裂空间的能力 。如果她要回到海底城的话，必须放弃能力变成一个普通人，因为在这个位面她已经死过一次了，同时她也要受到空间转换的影响失去一部分记忆 。于是E回到了海底城，尝试救出Sally并活下来 。
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