（1）保藏黑木耳菌种的条件要稳定，干净 。菌种保藏的专用设备不可将保藏条件悬殊过大的种类一起保藏，如黑木耳与草菇、茯苓等不可在同一条件的容器内保存；容器内必须干净，温度必须稳定，不随便开启，尽量少打开保藏菌种容器 。
（2）变更培养基保藏，如PDA与木屑培养基同时使用，繁殖时同时比较，选择使用 。
（3）每年进行一次实验室常规性状测试比较，变异较大的菌株停止使用，更换培养基后可恢复性状的可继续使用 。
（4）有条件的应成批放入液氮罐保存，每年取出一支或数支试管进行繁殖，恢复繁殖时按常规进行必要性能测试 。
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